加州大学伯克利分校团队在现有人群中识别出两个未知古老人群的DNA

研究人员报告，这个幽灵祖先在5万多年前、在现代智人最近一次大规模走出非洲之前，就已在非洲与现代人发生过杂交。来自这一谱系的DNA约占现代人类基因组的1%，研究者称这一比例与尼安德特人的贡献相当。

DNA是如何被追踪到的

伯克利团队开发了一种名为TRACE的技术，全称是“通过ARG估计追踪古老贡献”。它分析来自世界各地现代人的数百个完整基因组，重建出一张祖先重组图。这张图展示DNA片段如何因共同祖先而在时间上彼此关联。该方法能找出祖先来源异常久远的区域，从而让团队在没有这些已灭绝人群古DNA的情况下，也能定位他们的DNA。此前的研究曾发现过这类杂交的线索，但没有标出这些痕迹所在的位置。“谱系保存着我们进化历史的记录，”伯克利分子与细胞生物学副教授Priya Moorjani说。“TRACE在整条基因组上重建这些历史。通过找出祖先来源异常久远的区域，我们能够揭示已灭绝人类群体的遗传贡献，即使没有古DNA也能做到。”

分析显示，现代人与至少四种古老人类近亲发生过杂交，其中包括尼安德特人和丹尼索瓦人。

非洲的幽灵祖先

这一幽灵谱系大约在80万年前从现代人这一支分离出去，时间接近尼安德特人与丹尼索瓦人彼此分化的时期。杂交发生在5万年前之前，早于非洲以外与尼安德特人和丹尼索瓦人的相遇。

非洲以外的大多数人携带约1%至2%的尼安德特人DNA。

“我们确实找到并标出了现代人基因组中来自这一幽灵谱系的位置，并证明这种幽灵祖先存在于所有现代人身上，而不只是非洲人，”伯克利研究生、两位第一作者之一Yulin Zhang说。

超古老祖先

第二个群体更为古老。研究者描述了一个超古老祖先，其谱系可追溯到约180万年前。它很可能在20万多年前于欧亚大陆与丹尼索瓦人发生过杂交。丹尼索瓦人后来与智人混血，那段更古老DNA的一小部分正是这样进入现代基因组的。“超古老祖先的发现格外令人兴奋，因为它揭示了来自一百多万年前一个人类谱系的遗传贡献，尽管我们没有任何来自该群体的已测序DNA，”约翰斯·霍普金斯大学博士后研究员、共同第一作者Arjun Biddanda说。

这些年代与什么相吻合

研究者表示，推断出的分化年代与约80万年前非洲中更新世人类群体的存在、以及约180万年前欧亚大陆直立人群体的存在相吻合。

伯克利分子与细胞生物学副教授Priya Moorjani在一份校方新闻稿中说，人类群体之间的混血在时间长河中一直普遍存在。“我们常把人类进化想成一棵分叉的树，但新的基因组数据和分析方法揭示出一段彼此交织得多的历史，更像一张由反复迁徙和混血连接起来的复杂群体网络，”她说。

作者认为，在过去一百万年里，早期智人与非洲和欧亚大陆上众多相关的人族群体共同生活。他们在遗传上足够接近，能够与其中许多群体杂交。

仍未解的问题

这项研究没有确定这两个群体的身份，两者也都未与任何已测序基因组对应起来。推断出的年代与已知群体重叠，但重叠并不等于确认身份。没有来自这两个群体中任何一个的DNA，它们的身份仍未解开。