Une étude menée par UC Berkeley identifie l'ADN de deux groupes humains archaïques inconnus chez des personnes vivantes

Cet ancêtre fantôme s'est reproduit avec des humains modernes en Afrique il y a plus de 50 000 ans, avant la plus récente grande migration d'Homo sapiens hors d'Afrique, rapportent les chercheurs. L'ADN hérité de cette lignée représente environ 1 % du génome humain moderne, une proportion que les chercheurs jugent comparable à l'apport néandertalien.

Comment l'ADN a été retrouvé

L'équipe de Berkeley a mis au point une technique appelée TRACE, pour TRacking Archaic Contributions via ARG Estimation. Elle analyse des centaines de génomes complets d'humains actuels du monde entier et reconstruit un graphe de recombinaison ancestral, une carte des liens entre segments d'ADN au fil du temps par ascendance commune. La méthode repère les régions dont l'ascendance remonte anormalement loin, ce qui permet à l'équipe de localiser l'ADN de populations éteintes même sans ADN ancien de ces populations. Des travaux antérieurs avaient relevé des indices de tels croisements, sans cartographier l'emplacement des traces. « Les généalogies conservent une trace de notre passé évolutif », a déclaré Priya Moorjani, professeure associée de biologie moléculaire et cellulaire à Berkeley. « TRACE reconstitue ces histoires à l'échelle du génome. En identifiant les régions dont l'ascendance remonte anormalement loin dans le temps, nous pouvons mettre au jour des apports génétiques de populations humaines éteintes, même en l'absence d'ADN ancien. »

L'analyse indique des croisements entre humains modernes et au moins quatre parents humains archaïques, dont les Néandertaliens et les Dénisoviens.

L'ancêtre fantôme en Afrique

La lignée fantôme s'est séparée de la lignée humaine moderne il y a environ 800 000 ans, à peu près au moment où Néandertaliens et Dénisoviens se sont eux-mêmes séparés. Le croisement a eu lieu avant 50 000 ans, plus tôt que les rencontres avec les Néandertaliens et les Dénisoviens hors d'Afrique.

La plupart des gens hors d'Afrique portent environ 1 à 2 % d'ADN néandertalien.

« Nous avons réellement pu trouver et cartographier chez les humains modernes des emplacements génomiques issus de cette lignée fantôme, et montrer que cette ascendance fantôme est présente chez tous les humains modernes, pas seulement chez les Africains », a déclaré Yulin Zhang, doctorant à Berkeley et l'un des deux premiers auteurs.

L'ancêtre super-archaïque

Le second groupe est plus ancien encore. Les chercheurs décrivent un ancêtre super-archaïque dont la lignée remonte à environ 1 800 000 ans. Il s'est probablement reproduit avec des Dénisoviens en Eurasie il y a plus de 200 000 ans. Les Dénisoviens se sont ensuite mêlés à Homo sapiens, ce qui explique qu'une petite part de cet ADN plus ancien ait atteint les génomes modernes. « La découverte super-archaïque est particulièrement enthousiasmante, car elle révèle des apports génétiques d'une lignée humaine qui vivait il y a plus d'un million d'années, alors qu'aucun ADN de cette population n'a été séquencé », a déclaré Arjun Biddanda, chercheur postdoctoral à l'université Johns Hopkins et co-premier auteur.

Ce à quoi correspondent les dates

Les dates de divergence déduites recoupent l'existence de groupes d'Homo du Pléistocène moyen en Afrique il y a environ 800 000 ans et de populations d'Homo erectus en Eurasie il y a environ 1 800 000 ans, ont indiqué les chercheurs.

Priya Moorjani, professeure associée de biologie moléculaire et cellulaire à Berkeley, a déclaré dans un communiqué de l'université que les mélanges entre populations humaines ont été constants au fil du temps. « Nous pensons souvent l'évolution humaine comme un arbre qui se ramifie, mais les nouvelles données génomiques et les nouvelles méthodes d'analyse révèlent une histoire bien plus interconnectée, plutôt comme un réseau complexe de populations reliées par des épisodes répétés de migration et de mélange », a-t-elle déclaré.

Les auteurs soutiennent que les premiers Homo sapiens ont vécu aux côtés de nombreux groupes d'homininés apparentés en Afrique et en Eurasie au cours du dernier million d'années. Ils étaient génétiquement assez proches pour se reproduire avec beaucoup d'entre eux.

Ce qui reste ouvert

L'étude n'identifie pas les deux populations, et aucune n'a été rattachée à un génome séquencé. Les dates déduites recoupent celles de groupes connus, mais ce recoupement n'établit pas leur identité. Sans ADN de l'une ou l'autre population, les identités restent non résolues.